Ήταν το 1285 μ.χ. όταν ο Καλαβούν, ο σουλτάνος των Μαμελούκων, κατάφερε να σκορπίσει στους 4 ανέμους τις στρατιές των Σταυροφόρων, καταλαμβάνοντας την μία μετά την άλλη τις Φράγκικες πόλεις. Πολλοί από αυτούς που γλύτωσαν από τις σφαγές, κατέφυγαν στην Κύπρο. Ανάμεσα τους και σημαντικός αριθμός Ορθόδοξων Ιερωμένων.
Πολλοί από αυτούς τους Ιερείς, φθάνοντας στο νησί, προχώρησαν στην ενδοχώρα ψάχνοντας να βρουν τόπο που θα τους παρείχε την απαραίτητη ασφάλεια, μακριά από τις ακτές της Κύπρου οι οποίες δέχονταν επιδρομές από τους πειρατές, για να εξασκούν ελεύθερα τα Θρησκευτικά τους καθήκοντα.
Φθάνοντας στης περιοχή του σημερινού χωριού Γερακιές, το οποίο βρίσκεται κτισμένο σε μια πολύ καλά κρυμμένη, επικλινή, καταπράσινη και αμφιθεατρική πλαγιά, έκτισαν πολλούς μικρούς οικισμούς και στο πιο ψηλό σημείο της πλαγιάς, έκτισαν Ναό τον οποίο και αφιέρωσαν στον Άγιο Νικόλαο. Ο Ναός στην συνέχεια αποτέλεσε το Καθολικό μεγάλης Μοναστικής κοινότητας. Στα σημερινά χρόνια, η ίδια ακριβώς τακτική της οικοδόμησης μικρών μοναστικών οικισμών, οι οποίοι πλαισιώνουν μία μεγάλη Μονή, το βλέπουμε να πραγματοποιείται στην Ιερά Μονή Μαχαιρά.
Η Μονή Αγίου Νικολάου, το Καθολικό, οι Ιερατικοί οικισμοί καθώς και οι μικροί Ναοί που βρίσκονταν σε αυτούς, καταστρέφονται από τους Οθωμανούς Τούρκους, όταν στα τέλη του 16ου αιώνα εισέβαλαν στο νησί εκτοπίζοντας ταυτόχρονα τους Ενετούς και τους Φράγκους.
Τον 18ον αιώνα, ο Ναός ξανακτίζεται στα ερείπια του παλαιού, με πέτρα Τροόδους αλλά πολύ πιο μικρός από τον πρώτο. Κτίζεται στο πρότυπο που χρησιμοποιήθηκε για όλους τους Ναούς που οικοδομήθηκαν εκείνη την εποχή στην περιοχή του Τροόδους, που ήθελε τους Ναούς να αποτελούνται από ένα επιμήκη και ορθογώνιο κτίσμα σαν στοά, χωρίς καμπαναριό, δίκλιτο, ξυλόστεγο και κεραμοσκεπή.
Ο Ναός είναι πάντοτε κλειστός και βρίσκεται υπό την προστασία του Τμήματος Αρχαιοτήτων του νησιού.
