Ήταν τον 14ον αιώνα που ο «Μαύρος Θάνατος» η Πανούκλα δηλαδή, θέριζε στην κυριολεξία τους ανθρώπους εξαφανίζοντας πόλεις, χωριά και οικισμούς. Η επάρατη νόσος ξεκίνησε από τις φτωχογειτονιές των Ινδιών και σε πολύ μικρό χρονικό διάστημα επεκτάθηκε σε όλη την Ευρώπη και την Ασία. Εκατομμύρια άνθρωποι χάθηκαν και άλλοι τόσοι στιγματίστηκαν για πάντα από τα σημάδια του Μαύρου Θανάτου.
Όπως σε όλο τον κόσμο, έτσι και στο νησί της Κύπρου, δεν άργησε να επεκταθεί. Στο πέρασμα της θανάτωσε χιλιάδες Κύπριους και εξαφάνισε δεκάδες χωριά και οικισμούς. Βλέποντας οι άνθρωποι ότι η επιστήμη δεν μπορούσε να τους βοηθήσει, έστρεψαν τα βλέμματα τους προς τον ουρανό , αιτούμενοι την βοήθεια των Αγίων.
Στο χωριό Πραστειό Αυδήμου το οποίο βρίσκεται στην επαρχία Λεμεσού, οι κάτοικοι βρίσκονταν μπροστά στο φάσμα της εξαφάνισης τους . Ήταν τότε που η Παναγία, κυνήγησε τον Μαύρο Θάνατο και αφού τον εντόπισε σε κάποια περιοχή του χωριού, η οποία σήμερα ονομάζεται «Παθκιά της Παναγίας» , τον σκότωσε, ελευθερώνοντας έτσι τους ανθρώπους από την επάρατη νόσο.
Τα χρόνια πέρασαν, οι Φράγκοι κατακτητές και οι Οθωμανοί Τούρκοι που τους διαδέχθηκαν αναγκάστηκαν να φύγουν από το νησί. Οι κάτοικοι του Πραστειού Αυδήμου, ποτέ δεν ξέχασαν το Θαύμα της Παναγίας και αφού επιδιόρθωσαν την μοναδική εκκλησία που υπήρχε στο χωρίο τους την αφιέρωσαν στο Όνομα Της και τέλεσαν λειτουργία για πρώτη φορά την 1/11/1878.
Πολύ αργότερα και μετά που πολλοί κάτοικοι του χωριού, έβλεπαν τα βράδια την Παναγία να εξέρχεται από τον Ναό της και να κινείται ανάμεσα στα σοκάκια του χωριού, προστατεύοντας τους, ονόμασαν την Παναγία «Παναγία η Διακινούσα».
Αρχές του 20ου αιώνα οι ανάγκες εκκλησιασμού είχαν αυξηθεί σε τέτοιο βαθμό που κρίθηκε απαραίτητη η ανέγερση νέου και μεγαλύτερου Ναού. Τον έκτισαν μερικές εκατοντάδες μέτρα βορειότερα από τον παλιό και τον αφιέρωσαν στον Άγιο Ιωάννη τον Θεολόγο, μετατρέποντας παράλληλα τον παλαιό σε Ναό κοιμητηριού.
Η Ιερότητα του χώρου, όπου βρίσκεται ο Ναός "Παναγία Διακινούσα" αρχινά από τον 1ον αιώνα, όταν Χριστιανοί εγκατέλειψαν τις παράλιες πόλεις και κατέφυγαν στα βουνά για να γλυτώσουν από τους Ιουδαϊκούς διωγμούς. Κάποιοι από αυτούς, έφθασαν μέχρι το σημερινό χωριό Πραστειό και μέσα σε μικρή και στενή κοιλάδα, έκτισαν μικρό Ναό.
Αυτός ο μικρός Ναός, 4 αιώνες αργότερα μετατρέπεται σε υπέρλαμπρη τρίκλιτη Βασιλική η οποία αργότερα καταστρέφεται εκ θεμελίων από τους Σαρακηνούς πειρατές την ίδια ώρα που οι κάτοικοι σκορπίζουν και μετοικούν σε οικισμούς που βρίσκονταν ακόμα πιο βαθιά στην ενδοχώρα.
Το χωριό αναδημιουργείται στα πρώτα χρόνια της Φραγκοκρατίας και μετατρέπεται σε Φέουδο. Ο Φεουδάρχης, κτίζει Γοτθικού ρυθμού Ναό πάνω στα ερείπια της γκρεμισμένης εκκλησίας και βόρεια από αυτή κτίζει μικρό παρεκκλήσι το οποίο χρησιμοποιείται αργότερα για την ταφή του.
Στα χρόνια της Τουρκοκρατίας, ο Ναός πυρπολείται και καταστρέφεται. Παραμένει έτσι μέχρι τις αρχές του 1870, χρονιά κατά την οποία είχε διαφανεί ότι οι Οθωμανοί θα εγκατέλειπαν το νησί. Στα χρόνια που ακολούθησαν οι κάτοικοι τον ανοικοδομούν στην αρχική Γοτθική μορφή του ενώ παράλληλα οικοδομούν και ενσωματώνουν στην νοτιοανατολική εξωτερική τοιχοποιία μικρό παρεκκλήσι, το οποίο μαζί με το έτερο ταφικό παρεκκλήσι που ήταν ενσωματωμένο στην βορειοανατολική εξωτερική τοιχοποιία, προσδίδουν στον Ναό σχήμα Σταυρού και μετατρέπουν την εκκλησία σε τρίκοχη και ίσως την μοναδική που υπάρχει στο νησί.
